O primeiro contato dos portugueses com os índios foi considerado pacífico. Pero Lopes, irmão de Martim Afonso, relatou que os índios mostravam-se amistosos e se sentiam muito atraídos pelos objetos oferecidos pelos portugueses. Nas trocas de presentes, manifestavam a sua ruidosa alegria com abraços e sorrisos, que os portugueses, de sua parte, recebiam com muita reserva. Mesmo quando os primeiros povoadores começaram a chegar, ainda houve um certo entendimento.

Porém, as hostilidades não demoraram a aparecer. Os Potiguara, aliados dos franceses, atacaram Itamaracá e Pernambuco. Os Aimorés castigaram duramente os estabelecimentos portugueses em Ilhéus e Bahia. No Espírito Santo, os povoadores sofreram ataques dos Goitacá.

A relação entre índios e portugueses pode ser exemplificada através de três cidades: São Vicente, Bahia e Pernambuco. Em cada uma dessas regiões a relação ocorreu de formas diferentes:

Em São Vicente, segundo o Padre Anchieta, nunca houve guerra entre brancos e índios, a não ser em 1562. Outra testemunha da época, Pero de Magalhães Gandavo, chamou a atenção para a generalizada união das raças. Os portugueses incorporaram boa parte da cultura material indígena e chegaram a adotar sua língua, praticamente o único meio de comunicação entre eles até o século XVIII. Os jesuítas, por exemplo, se dedicaram a formular uma gramática do tupi. A fusão entre portugueses e nativos na região fez surgir uma população formada predominantemente por indígenas e mamelucos (mistura de brancos e índios).

Na Bahia, com a instalação do governo-geral, foi implantada uma política baseada na guerra declarada aos Tupinambás e, ao mesmo tempo, em uma sólida aliança com os Tupiniquins. Com essa ideologia de diferenciar indígenas aliados e indígenas inimigos, a Bahia beneficiou-se da criação de um verdadeiro cinturão de proteção representado pelos grupos aliados.

Em Pernambuco, os indígenas foram militarmente derrotados pelos portugueses. Ao contrário do que ocorreu na Bahia, os povoadores não fizeram alianças e, assim, ficaram mais vulneráveis aos ataques indígenas.

Religião Indígena: É muito difícil estabelecer qual era o sistema religioso dos índios, pois eram muitas tribos e estas cultuavam crenças e hábitos diferentes. As crenças exerciam um papel muito importante na cultura indígena. Os índios temiam o Deus bom chamado de Tupã e um Deus maligno chamado de Anhangá ou Jurupari. Os mortos eram cultuados por formas diferentes dependendo da tribo.

Conquista portuguesa sobre os Indígenas

O controle da Bahia pelos portugueses teve um papel estratégico na luta contra os indígenas. Quando Tomé de Sousa ali se instalou, em 1549, os Tupinambás já eram inimigos declarados dos portugueses. Porém, os Tupiniquins permaneciam em paz com os colonizadores.

A estratégia de Tomé de Sousa foi submeter os indígenas amigos à sua autoridade e aniquilar os inimigos. Mas submeter os indígenas amigos e obrigá-los a trabalhar para os povoadores era um problema. Os portugueses precisavam dos indígenas para duas funções: como mão-de-obra na produção de alimentos e como soldados na luta contra grupos inimigos.

Para resolver esse problema, o Estado português determinou que as ações violentas ficassem rigorosamente limitadas aos indígenas inimigos, os únicos que podiam ser escravizados. Isso atendia às reclamações dos moradores pela de mão-de-obra. Ao mesmo tempo, preservando a aliança com os povos amigos, eles garantiam a defesa da terra e também a futura expansão do povoamento.

Essa política se rompeu na época do segundo governador-geral, Duarte da Costa, quando cinquenta indígenas de uma aldeia revoltaram-se atacando os engenhos, numa reação contra os moradores que pretendiam tomar suas terras. Comandada pelo filho do governador, Álvaro da Costa, uma tropa de setenta homens encarregou-se da repressão. A rebelião foi sufocada. Essa vitória espalhou o medo entre as outras tribos e assegurou aos portugueses maior controle sobre a Bahia; mas não afastou o conflito.

A vitória decisiva na luta contra os indígenas da Bahia ocorreu com Mem de Sá após derrotar os temíveis Tapuia de Paraguaçu. Esse fato teve um importante impacto psicológico, pois, até então, acreditava-se ser impossível derrotar os povos guerreiros do sertão. Assim, com Mem de Sá, a Bahia tornou-se efetivamente o polo central do poder, ajudando a consolidar o domínio de todo o litoral.

Em 1560, no Rio de Janeiro, Mem de Sá enfrentou, com sucesso, 120 franceses e cerca de mil índios Tamoios, durante três dias, afastando as ameaças que pesavam sobre São Vicente. Ordenado por Mem de Sá, seu sobrinho, Estácio de Sá, iniciou o povoamento do Rio de Janeiro, consolidando o controle territorial em linha contínua, de São Vicente a Pernambuco.

No governo de Luís de Brito de Almeida (1573-1578), a atenção dos portugueses voltou-se para os Potiguara do rio Paraíba. Contudo, as ofensivas na Paraíba só tiveram início no governo de Manuel Teles Barreto (1583-1587). Aproveitando-se da inimizade entre os Tabajara e os Potiguara, os portugueses conseguiram impor seu domínio em 1586.

Já nesse período, as autoridades coloniais haviam concluído que era necessário ampliar a conquista até o Rio Grande do Norte, a fim de consolidar o domínio da região. Depois de muitos enfrentamentos com os indígenas, ao longo dos anos seguintes, foi construído, em 1598, o forte dos Reis Magos, núcleo da futura cidade de Natal.

O comando desse forte foi entregue a Jerônimo de Albuquerque, que era descendente de Tabajara pelo lado materno. Depois disso, foi estabelecida a paz definitiva com os Potiguara em 1599. Nessa data, os portugueses controlavam uma faixa litorânea compacta, que ia de São Vicente até o Rio Grande do Norte, com os indígenas postos totalmente na defensiva.

Com a chegada dos portugueses, a tradição e os costumes indígenas foram sistematicamente destruídos. Além disso, os europeus traziam doenças epidêmicas como a gripe e a sífilis que eram desconhecidas pelos índios. Milhares morreram porque não tinham imunidade contra essas enfermidades.